Tidak lama selepas ia dikeluarkan, pada awal Februari 2021, My Story: Justice in the Wilderness telah menjadi subjek kontroversi dan kecaman daripada pelbagai pihak. Sebanyak tujuh laporan polis telah dibuat terhadap Tommy Thomas di seluruh negara susulan penerbitan buku My Story: Justice in the Wilderness.[3] Presiden Parti Makkal Sakti Malaysia Datuk Seri R.S. Thanenthiran mendakwa memoir Tommy dianggap sebagai bukti terdapat konspirasi untuk menjatuhkan bekas Perdana Menteri, Najib Razak sebelum ini selain dakwaan fitnah Tommy terhadap Polis Diraja Malaysia (PDRM) dan Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia (SPRM) dengan mengatakan Jho Low merasuah mereka.[3] Thomas menerusi penulisannya dalam bukunya turut menyatakan bahawa Jho telah memainkan satu peranan tunggal dalam skandal 1Malaysia Development Berhad (1MDB) dan SRC International Sdn. Bhd. (SRC).[3] PDRM telah menerima sebanyak 134 laporan polis dan telah membuka tiga kertas siasatan berkaitan dengan isi kandungan buku Justice in the Wilderness yang didakwa telah memfitnah dan menghina pelbagai pihak.[4][5]

Pengarah JSJ Bukit Aman, Datuk Huzir Mohamed menyatakan siasatan dilakukan oleh Unit Siasatan Jenayah Terklasifikasi Bukit Aman dan akan dilakukan secara terperinci sebelum mana-mana pihak, termasuk Thomas, dipanggil untuk memberi keterangan.[4] Antara individu yang membuat laporan polis terhadap Thomas ialah bekas Peguam Negara Tan Sri Mohamed Apandi Ali dan bekas peguam negara III Datuk Mohamad Hanafiah Zakaria.[4][6][7] Polis Johor telah menerima 16 laporan daripada pelbagai pihak susulan memoir Tommy yang didakwa mengandungi fakta tidak tepat selain bentuk hinaan dan fitnah.[8] Gerakbudaya, syarikat yang menerbitkan memoir Tommy, mengesahkan telah memberi keterangan kepada polis berhubung siasatan buku terbitannya yang didakwa berunsur hasutan, penghinaan dan fitnah. Pengasas Gerakbudaya, Chong Ton Sin dalam satu temuramah bersama Utusan Malaysia berkata, keterangannya dirakam selama hampir sejam di pejabat syarikat itu di Petaling Jaya, Selangor. Katanya: “Beberapa pegawai dan anggota polis dipercayai dari Bukit Aman telah hadir ke pejabat kami. Mereka rakam keterangan saya untuk bantu siasatan kes buku itu,”.[9]

Ketua Penerangan UMNO, Shahril Sufian Hamdan menyifatkan pandangan dan tuduhan yang dinyatakan oleh Tan Sri Tommy di dalam memoirnya dianggap sebagai satu penghinaan kepada institusi Peguam Negara. Beliau turut mendakwa Tommy dilihat telah menghina dan menyalahkan pelbagai pihak di dalam tulisannya itu termasuk Perdana Menteri Malaysia kedua iaitu Tun Abdul Razak Hussein yang dianggap sebagai dalang utama peristiwa 13 Mei 1969.[10] Peguam Negara, Idrus Harun mengatakan bahawa buku Tan Sri Tommy telah menimbulkan reaksi dari banyak pihak yang mempersoalkan kecekapan dan kebolehpercayaan peguam yang bekerjasama dengan Dewan. "Buku ini memberi kesan negatif kepada orang luar dan telah mempengaruhi semangat dan semangat peguam. Saya percaya bahawa buku itu menghina institusi undang-undang," katanya dalam surat dalaman bertarikh 4 Februari untuk kakitangan Jabatan Peguam Negara.[11]

Gerakan Pembela Ummah (UMMAH) menyarankan Kementerian Dalam Negeri (KDN) agar mengharamkan My Story: Justice In The Wilderness sekiranya didapati ia sengaja diterbitkan dengan niat menyebarkan fakta tidak benar dan mencetuskan kekacauan. Menurut Pengerusi UMMAH, Mohd Zai Mustafa, Tan Sri Tommy perlu disiasat dan didakwa kerana telah mengaitkan Yang di-Pertuan Agong di dalam bukunya ini.[12] Turut menyarankan pengharaman buku ini ialah Pemuda UMNO Johor. Ketua Pemuda UMNO Johor, Mohd. Hairi Mad Shah menggesa kerajaan agar mengharamkan buku Tan Sri Tommy kerana memesongkan fakta sejarah negara selain turut mengandungi dakwaan dan tuduhan yang tidak sepatutnya dikeluarkan oleh seorang bekas Peguam Negara. Menurutnya, kebanyakan isi kandungan buku tersebut bersifat prejudis dan tidak beretika.[13]

Bekas menteri Kabinet, Tan Sri Rafidah Aziz berpendirian bahawa memoir Tan Sri Tommy ialah pandangan peribadi beliau. Menurut beliau, tiada pihak yang berhak untuk mengharamkan buku berkenaan atau memaksa melihat sesuatu itu mengikut sudut pandang pembaca, penganalisis atau pengulas, malah berpendapat setiap orang mempunyai pandangan berbeza termasuk Tommy namun, itu tidak memberi seseorang itu hak untuk mengharamkan buku berkenaan.[14] Kementerian Dalam Negeri (KDN) mempertimbangkan cadangan untuk mengharamkan buku My Story daripada edaran di pasaran dan penelitian oleh Bahagian Penguatkuasaan dan Kawalan.[15]